Die Setup-Datei installiert selbständig alle nötigen Dateien. Deinstallation erfolgt über die Windows-Systemsteuerung oder über den Uninstall-Befehl in der WibTeX-Programmgruppe im Startverzeichnis.

Bei der Installation werden Administrator-Rechte unter Windows Vista und Windows 7 benötigt, um die nötigen Einträge in die Windows-Registrierung vorzunehmen. Starten Sie das Programm auch bei einer eventuellen Registrierung als Administrator (Rechtsklick, "Als Administrator ausführen" wählen).

Das Programm erzeugt bei der Ausführung die Datei wibtex.ini, in welcher Konfigurationen abgelegt werden. Ab Version 7.4 wird diese Datei stets zusammen mit der Datenbank-Datei wibtex.wtx standardmäßig im Verzeichnis für öffentliche Nutzer des Computers abgelegt, z.B. unter C:\Users\Public\WibTeX.